京东自营模式和POP店在物流配送方面的主要区别在于物流的管理和执行主体。

京东自营：自营模式下，商品由京东自己的仓库发货，京东负责商品的采购、库存管理以及配送服务。这种模式下，京东能够提供统一的物流体验，包括快速配送和较高的服务标准。自营商品通常能够实现较快的发货速度，并且由于是京东直接管理，质量和售后服务都能得到保障。 

POP店：POP店模式下，物流配送的责任则落在第三方商家身上。商家可以选择不同的物流方案，如FBP（Fulfillment by POP，由京东管理所售商品的仓储和配送）、LBP（Logistics By POP，商家将商品打包送到京东分拣中心，由京东完成配送）、SOP（Sale On pop，商家自行或通过快递完成订单配送）等。这些模式下，物流速度和服务质量可能会因商家而异，且商家需要自行负责售后问题。京东在这种模式下主要提供平台服务，并监督商家的物流执行情况。 

总结来说，京东自营提供的是由京东直接控制的物流服务，而POP店则依赖于商家自身的物流安排，可能在配送速度和服务质量上存在差异。