京东自营和POP店在费用结构上的主要区别在于合作模式、费用类型和承担的风险。

合作模式：商家将商品卖给京东，由京东负责销售给消费者，商家是供货商。

费用类型：主要包括保证金、平台服务费（通常以销售额的百分比计算）、仓储费用（如果使用京东仓储服务）和推广费用。自营商家还需要支付商品的毛保（毛利保护），这是京东为了保证自己的毛利率而设定的。

风险承担：自营商家的风险主要由商家自己承担，但京东会提供更多的销售保障和品牌背书。 

合作模式：商家在京东平台上自主管理商品上架、订单处理等业务，京东提供平台服务。

费用类型：主要包括店铺保证金、技术服务费（按销售额的比例收取）、手续费和可能的押金。POP店铺不需要支付毛保，但需要承担更多的运营和市场风险。

风险承担：POP店铺的风险主要由商家自己承担，商家需要自行负责商品的销售和市场推广。 

商家在选择合作模式时，需要根据自身的运营能力、成本控制需求和风险承受能力来决定是选择自营还是POP店模式。自营模式虽然费用结构相对简单，但需要商家提供更高的保证金和满足京东的毛保要求；而POP店模式虽然费用结构可能更复杂，但可以给予商家更大的自主性和灵活性。