京东自营和POP店是京东平台上两种不同的商家模式，它们在经营主体、商品管理、物流配送、售后服务等方面存在明显差异。

自营模式下，京东作为商家直接采购商品，负责商品的存储、销售和售后服务，享有较高的品牌信誉和流量支持。商家以供货商的身份与京东合作，商品价格通常较低，以量取胜。自营模式下，京东对商品质量和服务有更直接的控制，且资金周转和库存管理更为灵活。 

相比之下，POP店模式允许第三方商家在京东平台上开设店铺，自主运营和管理商品。商家负责商品的采购、销售、配送以及售后服务，但可以利用京东提供的平台流量和物流服务。POP店铺的运营成本相对较低，主要是扣点和推广费用，适合中小卖家。不过，POP店铺在品牌信誉和流量获取方面不如自营模式，商家需要自行积累信誉和提升服务水平。 

总结来说，京东自营强调的是京东对商品和服务的直接控制，提供更高的品牌信任度和物流效率；而POP店则提供了更多的自主经营权，适合寻求灵活经营的商家。商家在选择入驻模式时，应根据自身的资源、能力和经营目标综合考虑。