京东自营和POP店在物流配送上的主要区别在于物流服务的提供方和配送流程。

京东自营模式下，商品由京东自己进货、销售，并负责配送和售后服务。

商品通常需要入京东仓库，通过京东物流进行配送，享受京东自营产品的服务，如211限时达、自提、货到付款等。 

POP店模式中，商家可以选择不同的物流配送方式：

SOP模式：商家自主经营，商品不入京东仓库，订单由商家直接配送给客户。 

LBP模式：商家需将订单先配送至京东仓库，再由京东配送给客户。 

FBP模式：京东为商家提供仓储、配送和客服服务，商家的商品入京东指定仓储。 

POP店铺的物流服务由商家自行负责，可以选择自己发货或使用京东物流，但需要自行处理售后问题。 

这些差异影响了商家的运营成本、自主性以及提供给消费者的服务体验。自营模式下，京东对物流有更严格的控制和更高的服务标准，而POP模式给予商家更多的灵活性，但同时也要求商家自己管理物流和售后。