天猫自营旗舰店的保证金标准根据不同的店铺类型和经营类目有所不同。根据zui新的信息，旗舰店的保证金一般在5万元人民币，但对于某些特殊类目，保证金可能会更高，例如医疗及健康服务下的健康服务二级类目店铺保证金为30万元人民币。具体的保证金要求可能会根据天猫的zui新政策有所调整，因此在准备入驻时，您应直接咨询天猫官方或查看zui新的入驻政策以获取准确信息。