京东自营店铺的入驻流程主要包括以下几个步骤：

1. 前期准备

了解京东自营的入驻要求，明确自身是否符合条件，包括企业资质、品牌资质、产品资质等方面。

2. 在线申请

访问京东商家入驻页面，填写入驻申请表格，提交相关资质文件，如公司基本信息、经营规模、期望经营的店铺名称、经营类目、经营品牌等信息。

3. 资质审核

京东会对提交的资料进行严格审核，包括企业合法性、品牌授权、产品合规性等。审核周期通常为7个工作日左右，但可能会根据实际情况有所延长。

4. 签订合同

审核通过后，与京东签订合作协议，明确合作条款和细则，包括双方的权利义务、销售目标、结算方式、售后服务等。

5. 缴纳保证金和平台使用费

根据京东的规定，缴纳相应的保证金和平台使用费。保证金的金额根据经营类目而定，一般在3万至15万元之间；平台使用费通常为每月1000元左右。

6. 店铺搭建

按照京东的规范，搭建店铺页面，包括店铺logo、店铺介绍、页面布局等。同时，上传品牌和产品信息，确保信息准确、完整、清晰。

7. 商品上架

准备商品详情页，进行商品上架操作，包括商品图片、描述、价格、库存等信息的设置。

8. 运营培训

参加京东提供的运营培训，了解平台规则、营销工具、售后服务等方面的知识，以便更好地开展店铺运营。

需要注意的是，京东自营店铺的入驻条件相对较高，要求商家具备一定的品牌影响力和市场竞争力。此外，京东还会对商家的线下销售实力、线上运营能力等进行综合评估。因此，在申请入驻之前，商家需要充分准备，确保自身条件符合京东的要求。