生鲜水果商家在入驻京东自营时，需要支付的费用主要包括：

保证金：一般为5000元/家，用于确保商家遵守平台规则，入驻成功后可退还。 

服务费：通常为每月销售额的3%，这是平台收取的技术服务费。 

物流费用：生鲜商品的物流成本较高，商家需要承担商品的运输费用等。 

其他费用：可能包括商品成本、促销费用、商品拍摄费用、客服人员工资等。 

具体的费用标准可能会根据商家的经营情况和信用评级有所不同，因此在入驻前，商家应详细了解zui新的平台政策和费用标准。