根据新的搜索结果，天猫旗舰店入驻的保证金金额根据店铺类型和经营类目的不同而有所差异。一般来说，旗舰店、专卖店的保证金为5万元（R商标），若持有TM商标则为10万元。但值得注意的是，很多类目（如服饰、鞋包、宠物用品、数码、户外运动等）可享受免保证金入驻的优惠政策。

保证金主要用于保障消费者权益和平台秩序，商家在缴纳保证金后，如有违规行为或未履行相关义务，保证金可能会被扣除。

保证金在商家成功退出天猫后会退还，且如果在运营过程中未出现严重的售后纠纷问题，基本不会涉及扣除。

除了保证金，商家在天猫平台开店还可能需要支付技术服务年费、交易佣金等其他费用。技术服务年费根据类目的不同分为3万和6万两档，而交易佣金（扣点）根据商品类目的不同，一般在2%至5%之间。

在考虑入驻天猫旗舰店时，建议您详细了解新的入驻政策和费用标准，以便做好充分的准备。