京东自营店铺的保证金根据经营类目不同而有所差异，一般在3万至15万元之间。例如，食品类目的保证金通常为10万元，而工业品的保证金一般也是10万，个别类目可能为8万。保证金在商家退店之后会退还给商家，主要用于保障商家的信誉和服务质量，确保商家能够遵守京东的规定和要求。

京东自营平台对商家收取平台使用费，该费用是商家使用平台的基本费用。平台使用费的收费标准是按照商家的销售额来计算的，具体收费标准如下：

销售额在1万元以下，平台使用费为每月500元；

销售额在1万元至10万元之间，平台使用费为每月1000元；

销售额在10万元至50万元之间，平台使用费为每月2000元；

销售额在50万元至100万元之间，平台使用费为每月3000元；

销售额在100万元以上，平台使用费为每月5000元。

除了保证金和平台使用费，京东自营店铺还可能涉及到一些其他的费用，如广告推广费、仓储费、退货处理费等，这些费用会根据商家的具体运营情况和合作协议而有所差异。

在计算保证金和平台使用费时，商家需要根据自己的经营类目和预期销售额来进行预算。同时，商家还需要考虑到其他可能的运营成本，以确保在京东自营平台上的经营能够盈利。在入驻京东自营之前，商家应该详细了解相关的费用政策，并与京东的招商团队进行沟通，以获得准确的信息。