入驻京东医药类的商家需要准备以下资质材料：

营业执照：提供企业的合法注册证明。

药品经营许可证：证明商家有权经营药品。

GSP认证证书：确保商家的药品经营质量管理符合国家标准。

商标注册证：提供品牌的商标注册信息。

品牌授权书：如果商家不是商标持有人，需要提供品牌授权证明。

质量检验报告：确保商品质量符合国家相关标准。

法人身份证：提供企业法人的身份证明。

一般纳税人资格证：如果商家适用，需要提供一般纳税人的相关证明。

税务登记证：提供企业的税务登记信息。

执业药师注册证：证明商家拥有合格的药师资源。

药急送服务开通证明：商家需要提供开通药急送服务的证明。

35类商标授权：如果商家经营的商品属于商标分类第35类，需要提供相应的商标授权文件. 

请确保所有材料的真实性和有效性，并根据京东的新入驻要求准备。在准备材料时，建议直接联系京东官方客服或查看新的招商公告，以获取准确的信息。