京东自营店确实需要商家进行运营。虽然京东自营店的商品采购、仓储和配送等环节由京东负责，但商家仍然需要负责商品的具体运营工作，包括商品上架、定价、营销推广以及售后服务等。因此，商家在入驻京东自营店时，需要具备一定的运营能力，以便更好地管理自己的商品和服务顾客。