京东自营店铺确实需要商家自己进行运营。虽然商品的存储、配送和服务由京东负责，但商家需要负责商品的进货、库存管理、营销策划、订单处理以及售后服务等。商家需要根据市场趋势和消费者需求，制定相应的运营策略，以提高销售额和市场竞争力。此外，商家还需要与京东保持紧密的沟通，以便及时响应平台的各种活动和政策变动。