京东入驻和京东自营的入驻难度存在差异，主要体现在以下几个方面：

店铺模式：京东自营模式下，商家成为京东自营产品的供应商，主要负责提供货源及产品信息，由京东向消费者销售产品，提供发货配送、售后等服务。而京东入驻则是面向企业级别消费者的采购平台，对商家的线下实力、商品质量、财务相关问题进行严格把关。

入驻条件：京东自营通常要求注册资金50万以上，公司成立时间2年以上，公司为一般纳税人，能够提供5证（营业执照、税务登记证、组织机构代码证、开户银行许可证、增值税一般纳税人资格证及产品资质），对销售品牌有商标注册证或完整授权。相比之下，京东入驻的入驻条件可能更为严格，例如要求公司主体满2年，注册资金200万以上，具有一般纳税人资格，自己要有R标(商标)，或者是拿到自己所售品牌的授权书，线下销量合同（提供年销500万以上合同，线下必须要有大客户），商家的采购额在200万元以上。

入驻方式：京东自营可以通过自主入驻、京东官方邀约入驻或京东代入驻等方式进行，而京东入驻同样可以通过官方邀约入驻或代入驻等方式进行。

入驻费用：京东自营的费用结构可能包括质保金和可能的自营返利，而京东入驻的费用结构可能包括质保金和平台使用费。

综合上述信息，可以看出京东自营的入驻门槛相对较低，尤其是对于那些已经有一定规模和实力的商家来说。而京东入驻则对商家的综合实力要求较高，尤其是在品牌、资质和市场表现方面。因此，如果您是新晋品牌，可能会发现京东入驻的入驻难度较大。不过，具体情况还需根据您的品牌实力和市场定位来决定。