入驻京东保健品旗舰店需要支付的费用主要包括以下几个部分：

保证金：保证金的金额一般在数万元人民币至数十万元人民币之间，具体金额取决于品牌的类别和zhi名度。

平台使用费：京东平台会根据旗舰店的经营类目收取一定的年度平台使用费，费用标准因类目而异。

佣金：商家在京东平台销售商品时，需要按照一定比例支付佣金给平台，佣金比例根据商品类目和销售额而定。

其他费用：可能还包括广告费、服务费等，具体费用需要商家与京东平台进行协商。

请注意，以上信息仅供参考，具体的费用可能会因京东的政策调整或其他因素而发生变化。在实际操作前，建议商家直接咨询京东官方获取zui新的入驻指南和细则。