京东自营店的运营成本主要包括以下几个方面：

商品成本：这包括商品的采购成本、运输成本、关税等。

仓储成本：涉及仓库租赁费用、库存管理费用等。

物流配送成本：包括配送员的工资、运输费用等。

营销推广成本：包括广告费用、促销费用、客服费用等。

人工成本：涵盖员工的工资、福利等。

售后服务成本：包括处理退货、换货、维修等服务产生的费用。

其他成本：可能还包括税费、保险费等。

为了有效控制这些成本，商家通常需要采取一系列措施，比如优化供应链管理以降低采购成本，精细化库存管理以减少库存积压，提高物流效率以降低配送成本，以及实施jing准营销以提高营销效果并降低推广费用。此外，提高产品质量和服务水平也有助于降低售后服务成本。