一、定义上的区别
天猫旗舰店是商家以自有品牌(商标为R或TM状态)入驻天猫开设的店铺，称为该品牌的“官方旗舰店”。天猫专营店是经营天猫同一招商大类两个及以上品牌商品的店铺，称为“专营店”。
二、经营主体上的区别
天猫旗舰店可以经营同一品牌、同一个一级类目下的所有产品，或者是经营多个自有品牌商品且各品牌归于同一实际控制人。天猫专营店则可以经营两个以上他人品牌商品，也可以即经营他人品牌商品又经营自有品牌商品，还可以经营两个及以上自有品牌商品。
三、品牌资质上的区别
天猫旗舰店的经营需要国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书，通俗上来说就是要注册商标。天猫专营店可以经营自有品牌和他人品牌，经营自有品牌需要提供国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书，经营他人品牌需要提供具有完整的授权书(即商家提供的授权书要可以逐级逆推回品牌商那里)。
四、经营范围上的区别
旗舰店：同一品牌、同一个一级类目下的所有产品。