入驻京东大药房的商家需要支付以下费用：

渠道使用费：根据商家的运营类目而定，一般每月约为1000元左右，具体费用可能会有所不同.

保证金：保证金的数额也根据商家的运营类目而定，一般为5万元左右，具体金额可能会有所变化.

技术服务费：这部分费用根据商家的运营类目和销售额而定，一般在10%～20%之间.

其他费用：包括药品收购成本、快递费用等，这些费用根据商家的实际运营情况而定.

请注意，上述费用是根据新的信息提供的，实际费用可能会根据京东的政策调整和商家的具体情况有所变动。在申请入驻前，建议直接联系京东官方或其授权的服务商，以获取准确的费用信息.